重大科学工程同位素实验室于2006年8月9日通过北京市环境保护局的资格认定，取得辐射安全许可证， 许可证号为京环辐证[F0017]。该同位素实验室为丙级非密封型放射性物质工作场所，使用核素为短半衰期的液体形态单一核素磷32； 主要应用于分子生物学方面作探针标记。同位素实验室只对基于重大科学工程的研究单位与课题组开放，不对本院其他单位及社会开放。 

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